В 1874-1875 гг. монастырь св. Пантелеимона на Святой Горе Афон (Греция), находившийся, как и другие святогорские монастыри в ведении Вселенского (Константинопольского) Патриарха, испытывал серьезные проблемы, в связи с чем начались попытки поиска нового места для строительства монастыря.

16 августа 1875 г. трое насельников Пантелеимонова монастыря на Святой Горе Афон, а именно иеромонах Арсений, монах Агапий и монах Иоанн отправились на Кавказ для осмотра и выбора подходящего места для монастыря. 6 сентября монахи прибыли морем в Анакопию и осмотрели руины Анакопийской крепости и храма Симона Кананита.

Для создания монастыря были предложены и другие места в Абхазии, в частности Драндский и Пицундский соборы и прилегающие к ним территории. Однако, выбор монахов остановился на Анакопии по причине того, что здесь находился храм, в котором был погребен один из 12-ти апостолов Христа — Симон Кананит. Именно по этой причине и монастырь в дальнейшем получил название в честь святого апостола Симона Кананита (в дореволюционное время «Ново-Афонский Симоно-Кананитский монастырь»). В силу того, что устроители Новоафонского монастыря прибыли из Свято-Пантелеимонова монастыря на Святой Горе Афон (Греция), соборный храм монастыря был освящен в 1900 г. в честь св. Пантелеимона.

3 ноября 1875 г. в Анакопию вместе с другими монахами из греческого Афона в качестве эконома прибыл иеромонах Иерон, впоследствии — первый настоятель Новоафонского монастыря. Монахи по прибытии в Анакопию поселились на берегу моря, в генуэзской башне.

В 1876 г. были построены четырех каменных здания у генуэзской башни.
17 октября 1876 г. состоялось освящение церкви Покрова Пресвятой Богородицы (неподалеку от ср. школы) и открытие школы для абхазских детей (главный корпус современной ср. школы).

Во время русско-турецкой войны 1877-1878 гг. все монахи получили распоряжение прекратить все строительные работы и покинуть Новоафонский монастырь. Ключи и оставленное имущество было передано представителям местного абхазского населения. В апреле 1877 г. все здания монастыря были сожжены турецким десантом. В октябре 1878 г. монахи возвратились в Анакопию и начались восстановительные работы. 3 февраля 1879 г. состоялось повторное освящение Покровского храма.

8 декабря 1879 г. монастырь получил официальное право на существование с наименованием Ново-Афонский Симоно-Кананитский мужской общежительный монастырь. Было утверждено количество монахов для обители — 50 человек.

В 1883 г. были начаты работы по возведению корпусов и храмов нагорного монастыря (современный комплекс Новоафонского монастыря). В 1894 г. в нагорном монастыре был освящен первый храм Вознесения Господня (над центральным парадным входом). В 1895 г. второй храм — св. апостола Андрея Первозванного в юго-восточном углу монастыря (храм вновь функционирует с 2011 г., все богослужения в зимний период проходят в этом храме). В 1896 г. освящен третий храм — Всех Святых Святой Горы Афонской (в юго-западном углу монастыря). 1 марта 1896 г. монахи переехали в жилые корпуса нагорного «верхнего» монастыря. 29 сентября 1900 г. был освящен главный собор в честь святого великомученика и целителя Пантелеимона (святой из Никомедии, территория современной Турции, принял мученическую кончину ок. 305 г.). Закладку этого собора совершил лично император Александр ІІІ во время посещения им монастыря 24 сентября 1888 г. Во время освящения собора в 1900 г. присутствовало 18000 человек. Все здания верхнего монастыря были белого и светлого цветов. Здание монастыря, включая храмы, по своей архитектуре принадлежат к т.н. «неовизантийскому» стилю церковного зодчества.